Trening funkcjonalny znalazł zastosowanie nie tylko w rehabilitacji, ale także w profilaktyce zdrowotnej oraz w przygotowaniu motorycznym sportowców. Zagadnienie doskonalenia sprawności fizycznej osób dotkniętych dysfunkcjami, w tym trenujących różne dyscypliny sportowe, stanowi jedno z podstawowych zadań współczesnej rehabilitacji. Stosowany w jej ramach trening funkcjonalny może być wykorzystywany na wszystkich etapach zdrowienia, dostosowując swoje formy i rodzaje do możliwości psychofizycznych pacjentów i zawodników.